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MéForBio - Méthodes Formelles pour la Bioinformatique

Responsable : Olivier ROUX  
Pôle(s) de recherche :
SDD
SLS

MeForBio (Méthodes Formelles pour la Bioinformatique) est une équipe de recherche en bioinformatique dans le domaine de la formalisation et du raisonnement automatique du traitement des données et des systèmes avec des caractéristiques temporelles. MeForBio est particulièrement orientée vers l'élaboration des cadres et méthodes qui modèlent et analysent des systèmes biologiques. L'équipe se focalise principalement sur :

  • La complexité de la dynamique des systèmes vivants
  • La simulation (non-déterministe) et le raisonnement (complet et exhaustif) sur un modèle décrivant un système biologique
  • La modélisation de la réponse à l'état stationnaire d'une perturbation sur un système biologique de grande taille
  • L'intégration des données expérimentales à haut débit dans des réseaux de régulation à grande échelle
  • La formalisation automatique des connaissances dans les bases de données de réactions biochimiques
Mots-clés méthodologiques :

méthodes formelles, model-checking, simulateurs stochastiques, résolution de contraintes, programmation logique

Mots-clés en Biologie des Systèmes :

réseaux de régulation génétiques, réseaux de signalisation, données de puces à ADN, données phospho-protéomiques, plan expérimental, bases de données des voies de signalisation

Sujets de recherche

Les principaux axes de recherche de MeForBio comprennent des méthodes pour proposer des analyses sur des modèles dynamiques et statiques des systèmes biologiques basés sur des modèles discrets, ainsi que des méthodes pour obtenir automatiquement des modèles discrets à partir des connaissances stockées dans des bases de données sur les régulations entre molécules.

 

Thématiques de l'équipe

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