Soutenance de thèse de Matthieu David (équipe COMBI)
24 octobre 2019 @ 14 h 15 min - 16 h 45 min
Matthieu David, doctorant au sein de l’équipe COMBI, soutiendra sa thèse intitulée « Découverte de modifications chimiques par les protéines : identification rapide de jeux de spectres de masse sans filtre de masse »
jeudi 24 octobre 2019 à 14h15, dans l’amphi du bâtiment 34 sur le site de l’UFR Sciences.
Jury :
-Directeur thèse : Guillaume Fertin / Co-encadrante : Dominique Tessier (Ingénieure de recherche INRA Angers Nantes)
– Rapporteurs : Jean-François Gibrat (INRA Jouy en Josas /Unité MaIAGE), Frédérique Lisacek (Swiss Institute of Bioinformatics)
– Examinateurs : Alain Denise (Université Paris-Sud, Orsay), Yves Vandenbrouck (CEA Grenoble)
– Invitée : Hélène Rogniaux (Ingénieure de Recherche, INRA Nantes)
Résumé :
Les protéines remplissent de nombreuses fonctions indispensables au développement et à la survie des organismes vivants. Leur étude est primordiale pour comprendre les mécanismes biologiques au sein des cellules. La technique la plus utilisée pour caractériser les protéines est la spectrométrie de masse en tandem qui produit des dizaines de milliers de spectres expérimentaux par analyse. Pour interpréter ces spectres –c’est-à-dire retrouver et caractériser les protéines présentes dans le mélange analysé– la méthode la plus courante consiste à les comparer à une banque pouvant contenir des centaines de milliers de spectres « modèles ». Pour accélérer l’analyse, la majorité des approches limitent le nombre de comparaisons, limitation suspectée à l’origine de difficultés d’identification.
En effet, à l’issue d’une expérience de spectrométrie de masse, 50 à 75% des spectres demeurent aujourd’hui non identifiés. Pour résoudre ces difficultés, nous avons conçu une méthode pour interpréter les spectres de masse sans filtre de la banque. Cette méthode repose sur une structure de données, SpecTrees, qui permet une représentation compacte du nombre de masses partagées entre chaque paire de spectres, et sur des algorithmes qui manipulent efficacement l’information contenue dans cette structure de donnée. L’ensemble constitue le logiciel SpecOMS diffusé à la communauté. Nous discutons l’usage des différents paramètres de notre méthode et la comparons à un autre algorithme performant.
